Comenzó a conformarse con dos grupos documentales: las nóminas del Ferrocarril Mexicano y las de Ferrocarriles Nacionales de México de los años 1920 a 1935, además de la correspondencia oficial referida a los trabajos que se realizaban en los Talleres de Apizaco, Tlaxcala.

Con el Programa Nacional de Rescate del Patrimonio Histórico, Cultural y Artístico de los Ferrocarriles Mexicanos, Pronare, se sumaron los acervos del Archivo de la Junta Directiva y del Consejo de Administración. Hoy día, el Archivo histórico del CNPPCF/MNFM cuenta con aproximadamente treinta fondos con registro, disponibles para su consulta.

Es importante destacar que los fondos con los que cuenta el archivo Histórico constituyen apenas una mínima parte de la información resguardada en los 2 500 metros lineales que abarca este acervo.

Algunos de los fondos representativos de esta área son los siguientes:

Fondo Orizaba

Está integrado por libros de registro contable, nóminas, fotos y planos que dan cuenta de la operación de la Compañía del Ferrocarril Mexicano. El periodo que cubre va de 1869 a 1958.

Fondo Guadalajara

Se conformó con documentos localizados en distintas áreas de la terminal de ferrocarriles en Guadalajara, entre ellos libros, nóminas de pago y expedientes de personal. Estos documentos abarcan un periodo de 1887 a 1997.

Fondo nóminas de Ferrocarriles Nacionales de México

Está integrado por tres mil volúmenes organizados cronológicamente y por división. Cubre el periodo de 1920 a 1938.

Junta directiva

Contiene documentación de las líneas que dieron origen a FNM y de las compañías administradas por esta empresa, así como las concesiones de las primeras líneas férreas que se establecieron en México. Abarca el periodo de 1869 a 1940.

Fondo Directivos de FNM y otras personalidades

Está constituido por documentos y expedientes de personal de directivos de la empresa y otras personalidades que influyeron en el devenir de esta empresa pública.