Es única en su género en México y está destinada a cubrir las necesidades de información en el área de investigación integral sobre los ferrocarriles. En 1988 recibió de los trabajadores ferrocarrileros jubilados y de la Dirección de Ferrocarriles Nacionales de México sus primeras donaciones de libros, revistas y folletos, así como la importante colección Amorós De Negre.

Con el Pronare se acrecentó el acervo bibliohemerográfico, al recibir ejemplares del Instituto de Capacitación Ferrocarrilera y de los Departamentos del Express, de Personal, de Vías y Estructuras, Electricidad y Telégrafos, entre otros.

Hoy día la Biblioteca Especializada cuenta con un inventario de cerca de 45 000 ejemplares de los cuales alrededor de 15,000 son únicos. En ellos se abordan diversos aspectos de la temática ferrocarrilera, tales como: desarrollo histórico, técnico y económico de las compañías que incursionaron en nuestro país; instrucción de personal, administración, diseño, especificación y adquisición de equipo rodante; problemática laboral, construcción de vías y estructuras, entre otros temas de interés.

También alberga materiales únicos y especializados, como impresiones originales que datan de la primera mitad del siglo XIX y que por sus características tipográficas y temáticas son considerados piezas raras. Tal es el caso del Proyecto del primer camino de hierro de la República, desde el puerto de Veracruz a la capital de México, escrito por Francisco de Arrillaga y publicado por Ignacio Cumplido en 1837, o el Reglamento para la seguridad, policía, conservación y uso de caminos de fierro, autorizado por el presidente Benito Juárez en 1867.

Fondo Amorós De Negre

Contiene leyes, decretos, estatutos, memorias, proyectos, guías, reglamentos, reseñas, debates, entre otros documentos sobre el establecimiento de los ferrocarriles en México. Cubre el periodo que va de 1829 a 1970.

Fondo Torrescano

Lo integran los contratos colectivos de trabajo, organizados por ramas y especialidades, y abarca el periodo de 1920 a 1998.

Fondo Méndez Quijano Zirón

Está integrado por 962 libros, 4 álbumes fotográficos, un retrato al óleo, 14 objetos varios ( modelos a escala, monedas piezas de ferrocarril, etcétera), un disco LP, dos acciones, así como alrededor de 400 documentos.

Fondo Revista Ferronales

Se trata de una publicación mensual de Ferrocarriles Nacionales de México. Este fondo cubre el periodo de junio de 1930 a septiembre de 1990.