La misión educativa del museo se orienta a desarrollar programas, proyectos y actividades para difundir los valores, importancia y posibilidades de acercamiento de los públicos y usuarios de servicios culturales, al patrimonio ferroviario. Los ejes que orienta su desarrollo son la animación sociocultural como método para crear ambientes de aprendizaje lúdicos, significativos y de participación, así como las corrientes psicopedagógicas que promueven el papel activo de los públicos en la construcción de sus propios conocimientos.

Cada año el Museo realiza tres ciclos de cursos y talleres, que tienen lugar en la primavera, el verano y el invierno. En ellos se desarrollan propuestas dirigidas a niños, jóvenes y adultos. Cada ciclo se acompaña de un amplio programa cultural conformado por la presentación de grupos artísticos, libros y discos, mesas redondas y proyección de películas.

Otros talleres que ofrece el Museo durante el año son los que acompañan las actividades paralelas a las exposiciones temporales, los impartidos durante la Semana Nacional de la Ciencia y la Tecnología, así como los talleres de arte contemporáneo con artistas poblanos y jóvenes preparatorianos.

 
Se basa en el programa de filosofía para niños (FpN), creado por Matthew Lipman a principio de la década de 1970, el cual parte de la evidente necesidad de reflexionar, de manera crítica, sobre la educación. El Diplomado de Filosofía para Niños tiene como meta que los promotores, animadores culturales y docentes desarrollen y manejen las herramientas adecuadas a fin de que puedan fomentar y desarrollar en los niños habilidades de razonamiento y que fundamenten sus ideas y tomen decisiones con base en un pensamiento crítico y creativo; amén de fomentar en ellos el sentido de responsabilidad.